Bir etkileşimli bağlantı kabuğu başladığı zaman; kabuk, daha önceden tanımlanmış bir veya daha fazla dosyayı çalıştırır. Değişik kabuklar değişik dosyaları çalıştırır. Ayrıntılı bilgi için her kabuğu kendi belgelerine bakmalısınız.

Pek çok kabuk ilk önce bazı genel dosyaları çalıştırır; örneğin: Bourne Shell (/bin/sh) ve türevleri /etc/profile ve ek olarak kullanıcı ev dizini içerisindeki .profile dosyasını çalıştırır. /etc/profile dosyası root kullanıcıya; kullanıcılar için genel çalışma ortamı hazırlama, PATH ortam değişkeni ile yerel komut dizinlerini diğerlerinin yanına ekleme gibi ayarlamalar yapma olanağı sağlar. Diğer yandan .profile dosyası ise kullanıcının kendi zevkine göre çalışma ortamı hazırlamasını sağlar ve şayet gerekiyorsa öntanımlı olarak atar.