Mümkün oldukça çok yedekleme yapmak isteyebilirsiniz. Temel istisna; kurulması daha kolay olan uygulamalardır, yedeklenmesi gereken bazı ayar dosyaları olsa bile ve siz bunları tekrar tekrar düzenlemek istemeseniz bile hangi yöntemin daha kolay olacağına siz karar vereceksiniz). Bir diğer temel istisna /proc dosya sistemidir. Çünkü burası çekirdek tarafından otomatik olarak yenilenen bilgiler ihtiva eder. Burayı yedeklemek hiç de akıllıca bir şey değildir. Özelliklede /proc/kcore dosyasının yedeklenmesi tamamen gereksizdir, çünkü burası fiziksel belleğinizin bir yansımasıdır ve genellikle çok büyüktür.

Yarı önemli bölümler: /var dizini içindeki haber havuzları, günlük kayıt dosyaları ve diğer şeylerdir. Neyin önemli olduğuna siz karar vermek zorundasınız.

Açık olan; kullanıcı dizinlerinin (/home) ve sistem ayar dosyalarının (/etc dizini ve mümkünse sistemde yayılmış olan diğerleri) yedeklenmesi gerektiğidir.